Ήταν τον 9ο αιώνα, όταν στον Πατριαρχικό Θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως κυριαρχούσε η μεγάλη εκκλησιαστική και πολιτική μορφή του Μεγάλου Φωτίου. Είναι η εποχή του εκχριστιανισμού των σλαβικών λαών, αφού η Μέση Ανατολή και η Βόρειος Αφρική είχαν χαθεί από την Αυτοκρατορία λόγω της αραβικής επελάσεως.

Τότε ο μεγάλος αυτός Πατριάρχης, χτίζει και πήγει θυσιαστήριο σε ένα λόφο ενός Νησιού των Πριγκηποννήσων. Αυτό το Θυσιαστήριο χτισμένο επάνω στον λόφο πού φέρνει την ελπίδα, εξ ού και Λόφος της Ελπίδος, είναι η Ιερά και Πατριαρχική Μονή της Αγίας Τριάδος Χάλκης. 

Η Ιερά Μονή της Αγίας Τριάδος Χάλκης, από την ίδρυσή της και μετά ακολουθεί την πορεία και την μοίρα της Μεγάλης Εκκλησίας και της Ρωμηοσύνης, τόσο στα χρόνια της Φραγκοκρατίας, όσο και αργότερα στα Οθωμανικά, μέχρι και σήμερα. Σε αυτήν την Ιερά Μονή, την ιδρυθείσα από τον Λόγιο Πατριάρχη Φώτιο, καθηγητή του Πανεπιστημίου της Μαγναύρας και Γενικό Γραμματέα του Κράτους πριν γίνει κληρικός, θέλησε ο Θεός να φιλοξενηθεί ένα Ανώτατο Πνευματικό Ίδρυμα και σχολείο μέσα στα τόσα άλλα που λειτουργούσαν στην Πόλη. Ένα σχολείο που θα παρείχε υψηλή Θεολογική μόρφωση και κατάρτιση στα παιδιά της Ρωμηοσύνης αλλά και στα στελέχη της Εκκλησίας. Μιλάμε για την Θεολογική Σχολή της Χάλκης, πού όπως "ο δρόμος είχε την δική του ιστορία" έτσι και η Σχολή της Χάλκης είχε και έχει και αυτή την δική της ιστορία και πορεία.

Όλα ξεκινούν στις 13 Σεπτεμβρίου 1844, όταν ο Πατριάρχης Γερμανός Δ' (α' 1842 - 1845, και β' 1852 - 1853) ανακαινίζει την Μονή και τελεί τα εγκαίνια του Καθολικού της Αγίας Τριάδος μετά από την πυρκαγιά πού υπέστη το 1821. Λίγες ημέρες μετά, την 1η Οκτωβρίου 1844 ο πρώτος τη τάξει Μητροπολίτης του Θρόνου Καισαρείας Παΐσιος τέλεσε τον αγιασμό της ενάρξεως της Σχολής. Τα μαθήματα ξεκίνησαν στις 8 του ιδίου μηνός.

Στις 28 Ιουνίου 1894, το κτήριο της Μονής, υφίσταται σημαντικές ζημιές από ένα Μεγάλο σεισμό πού συγκλόνισε την Πόλη και την ευρύτερη περιοχή. Ανάσα για την ανακαίνιση του κτηρίου, έδωσε ο Μεγάλος Ευεργέτης του Γένους Παύλος Σκυλίτσης Στεφάνοβικ με επιστολή του προς τον Πατριάρχη Άνθιμο Ζ' (1895 - 1897), με την οποία ανακοινώνει την ανοικοδόμηση της Μονής με δικά του έξοδα. Τα εγκαίνια των νέων κτηρίων με την μορφή πού έχουν σήμερα έγιναν στις 6 Οκτωβρίου 1896.

Η Ίδρυση της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης, έγινε για να καλύψει εκτός από τις ανάγκες επιμορφώσεως του κλήρου, την συνεχή αύξηση των γραμμάτων του 19ου αιώνος, αλλά και την καλλίτερη και συστηματικότερη Θεολογική κατάρτιση έναντι του αθεϊσμού και των άλλων κοινωνικοπολιτικών συστημάτων που επικρατούσαν τότε στην Δύση, επηρεασμένη από τις ιδέες του Διαφωτισμού.

Η Σχολή της Χάλκης σε όλη την πορεία της λειτούργησε με βάση τους Εκπαιδευτικούς Κανονισμούς που εκδόθηκαν τόσο στα χρόνια της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, οσο και μετά στα πλαίσια της Τουρκικής Δημοκρατίας. 1845, 1853, 1857, 1874, 1898, 1903, 1951. Ο Κανονισμός του 1951 είναι και ο πρώτος πού εγκρίθηκε από την Τουρκική Πολιτεία.

Το Πατριαρχείο για να αντιμετωπίσει καλλίτερα τα προβλήματα πού ενδεχομένως θα υπήρχαν, ιδρύει και την «Εφορία της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης». Η «Εφορία» σκοπό είχε την κατάρτιση του προϋπολογισμού, τον διορισμό του διδακτικού προσωπικού, την εισαγωγή φοιτητών και μαθητών.

Το μορφωτικό επίπεδο της Σχολής, είχε ανέβει τόσο πολύ, ώστε σε αυτήν να φοιτούν και μαθητές από όλο τον ορθόδοξο χώρο. Επειδή η Σχολή φιλοξενούνταν μέσα σε ένα Ιστορικό και Παλαίφατο Μοναστήρι, γι'  αυτό και οι μαθητές, όλοι άρρενες, αλλά και οι καθηγητές εθεωρούντο Αδελφοί της Μονής, με Ηγούμενο πάντοτε τον Σχολάρχη. Οι μαθητές εντός της Σχολής φορούσαν ένα κοντόρασο. Οι έξοδοι ήταν περιορισμένοι και αυτές σε καθορισμένες ημέρες.

Οι φοιτητές στο τέλος του τετάρτου έτους των σπουδών τους, κατέθεταν «Εναίσιμον διατριβήν». Οι απόφοιτοι λάμβαναν το τίτλο του «Διδασκάλου της Ορθοδόξου Χριστιανικής Θεολογίας» σε ιδιαίτερη τελετή που γινόταν την πρώτη Κυριακή του Ιουλίου εκάστου έτους, ενώπιον του Πατριάρχου και των Μελών  της Αγίας και Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου.

Τα μαθήματα πού διδάσκονταν οι μαθητές κατά την διάρκεια των σπουδών τους σε αυτό το Περίπτυστο Σχολείο, ήταν: Εισαγωγή στην Παλαιά και Καινή Διαθήκη, Εξηγητική της Παλαιάς και Καινής Διαθήκης, Ιερά Ερμηνευτική, Ιερά Κριτική, Εβραϊκή Αρχαιολογία, Εκκλησιαστική Ιστορία, Ιστορία των Ορθοδόξων Αυτοκεφάλων Εκκλησιών, Πατρολογία, Χριστιανική Αρχαιολογία και Αρχιτεκτονική, Δογματική, Χριστιανική Ηθική, Εκκλησιαστικό Δίκαιο, Λειτουργική, Κατηχητική, Ποιμαντική, Ομιλητική, Εγκυκλοπαίδεια της Θεολογίας, Φιλοσοφική Ηθική, Ιστορία της Φιλοσοφίας, Ιστορία των Θρησκευμάτων, Βυζαντινή Μουσική, Υγιεινή. Για τους Τούρκους Υπηκόους, υπήρχε και το μάθημα της Τουρκικής Φιλολογίας.

Το 1915, λόγω των πολιτικών εξελίξεων πού υπήρχαν τότε, η Σχολή καταλαμβάνεται και μετατρέπεται σε στρατώνα, για να επανέλθει και πάλι το 1918 με την Συνθήκη του Μούδρου.

Με την εγκαθίδρυση της Τουρκικής Δημοκρατίας, η Σχολή υποβιβάζεται σε Ημιγυμνάσιο ενώ λίγο μετά αναβιβάζεται σε Λύκειο. Την εποχή εκείνη μπαίνει και το μάθημα της Τουρκικής Γλώσσης. Μετά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, η Σχολή αναβαθμίζεται σε Ανωτάτη Επαγγελματική Ιδιωτικού Δικαίου, χαρακτήρα πού διατήρησε μέχρι το άδικο κλείσιμό της.

Η Σχολή της Χάλκης διαθέτει μια σπουδαία και μεγάλη Βιβλιοθήκη η οποία συνεχίζει να εμπλουτίζεται, ενώ διέθετε ακόμα Ιατρείο, Νοσοκομείο και Γυμναστήριο.

Η Σχολή, αρχίζει να αντιμετωπίζει προβλήματα από το Υπουργείο Παιδείας μετά το 1960, παρά την έγκριση του Κανονισμού του 1951. Τα μέτρα αυτά σκοπό είχαν το κλείσιμο της Σχολής. Το μεγάλο πλήγμα ήρθε το 1967 - 1968, όταν αποφασίστηκε ότι, οι φοιτητές πού προέρχονται από χώρες που διαθέτουν Θεολογικές Σχολές να επιστρέψουν πίσω και να συνεχίσουν εκεί τις σπουδές τους. Το ολοκληρωτικό χτύπημα ήρθε το 1971, όπου το Κράτος, χωρίς αιτία και δικαιολογία, έκλεισε την Σχολή.

Οι Σχολάρχες - Ηγούμενοι της Σχολής από το 1844 μέχρι σήμερα είναι: Ο Μητροπολίτης Σταυρουπόλεως Κωνσταντίνος Τυπάλδος (1844 - 1864), ο Αρχιμανδρίτης Γερμανός Γρηγοράς (1868 - 1869), ο Μητροπολίτης Σελευκείας Γερμανός Στρηνόπουλος (1907 - 1922), ο Μητροπολίτης Σταυρουπόλεως Ιωακείμ Πελεκάνος (1924 - 1931), ο Μητροπολίτης Φιλαδελφείας Αιμιλιανός (1932 - 1942), ο Μητροπολίτης Νεοκαισαρείας Χρυσόστομος Κορωναίος (1942 - 1950), ο Μητροπολίτης Ικονίου Ιάκωβος (1951 - 1955), και τελευταίος ο Μητροπολίτης Σταυρουπόλεως Μάξιμος. Μετά τον Σταυρουπόλεως Μάξιμο, την ηγουμενεία αναλαμβάνει ο Μητροπολίτης Μοσχονησίων και νύν Γέρων Δέρκων Απόστολος. Σήμερα Ηγούμενος της Ιεράς Μονής είναι ο Μητροπολίτης Προύσης Ελπιδοφόρος, καθηγητής στην Θεολογική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.

Από Σχολή της Χάλκης αποφοιτήσαν πολλοί, πού λάμπρυναν τόσο την Εκκλησία, όσο και τα θεολογικά γράμματα. Οι απόφοιτοι της Χάλκης διακρίνονται για το ήθος, την καλλιέργεια, αλλά και για το υψηλό επίπεδο γνώσεως. Εκτός από ορισμένους ακόμα αποφοίτους Αρχιερείς του Θρόνου, κορυφαία θέση κατέχει ο Παναγιώτατος Οικουμενικός Πατριάρχης μας κύριος Βαρθολομαίος.

Η «σιωπηλή Σχολή» συνεχίζει και σήμερα να υπάρχει, στον Λόφο της Ελπίδος, περιμένοντας να ξαναχτυπήσει το κουδούνι και να δεχτεί τους νέους μαθητές. Παρά το άδικο κλείσιμο, η Σχολή και η Ιερά Μονή δεν έπαψαν να είναι ανοιχτές και να δέχονται τους επισκέπτες - προσκυνητές, για να ανάψουν ένα κερί στην Παναγία την Παυσολύπη και να θαυμάσουν το κτίριο, την βιβλιοθήκη, αλλά και το μεγαλείο αυτού του ιδρύματος της Εκκλησίας και του Γένους.

Η Ιερά Μονή της Αγίας Τριάδος, με τον  Ηγούμενό της Μητροπολίτη Προύσης Ελπιδοφόρο και τα Μέλη της αδελφότητος που υπάρχουν και διακονούν εκεί, συνεχίζει την υπερ - χιλιόχρονη παράδοση, κάτω από την καθοδήγηση και την έμπνευση του Παναγιωτάτου Οικουμενικού μας  Πατριάρχου κυρίου Βαρθολομαίου, ο οποίος μέσα στις πολλές ευθύνες και δραστηριότητες, δεν ξεχνά την τροφό Σχολή του, την Σχολή στην οποία χρωστά πολλά, και γι'  αυτό αγωνίζεται να την δει και πάλι ανοιχτή.